Molekularbiologische Infektionsdiagnostik

Molekularbiologische Infektionsdiagnostik

In der Infektionsdiagnostik repräsentieren molekularbiologische Techniken (PCR, qPCR, RT-PCR) derzeit die schnellste und sensitivste Methodik zum Direktnachweis pathogener Mikroorganismen (Bakterien, Pilze und Parasiten) und infektiöser Agenzien (Viren) bei entsprechender Indikation.
Die Polymerasekettenreaktion (PCR) ermöglicht die exponentielle Vervielfältigung definierter DNA-und RNA-Sequenzen und damit den Nachweis sehr geringer Mengen von Erreger-Nukleinsäuren in verschiedensten Probenmaterialien.

Die PCR ist insbesondere geeignet für den Nachweis von Infektionserregern,
• die schwierig, langsam oder gar nicht kultivierbar sind,
• in der akuten Phase einer infektiösen Erkrankung, insbesondere bevor Antikörper nachweisbar sind,
• bei immunsupprimierten Patienten, die nur eine geringe bzw. keine Antikörperantwort generieren können (z.B. im Rahmen einer HIV-Infektion, vor/nach Transplantation oder im
  Rahmen einer zytostatischen Chemotherapie)
• zur Therapiekontrolle bei Virusinfektionen (z.B. HIV, HBV)
• zur Bestimmung von Resistenzen

Aufgrund der hohen Sensitivität der PCR wird diese in einer Spezialabteilung durchgeführt, die getrennte Räume für jeden Teilschritt des Arbeitsablaufes aufweist.
Eine ständige Aktualisierung der Techniken mit eigener Methodenentwicklung betrachten wir als willkommene Herausforderung, um flexibel und schnell auf diagnostische Fragestellungen zu reagieren. Ebenso sehen wir die Beratung klinisch tätiger Kollegen bezüglich Differentialdiagnostik und anzuwendender diagnostischer Verfahren sowie Therapien als unsere Aufgabe an.

Die Molekulare Erregerdiagnostik bietet die PCR-Analytik mit ggf. anschließender Sequenzierung derzeit für folgende Erreger an:

1. Bakterien

Parameter

Nachweis/ Zielsequenz

Probenmaterial

Ergebnis der Analyse ab Probeneingang 9:00h wochentags

Bemerkungen/
ggf. Ausnahme-kennziffer

Bordetella pertussis/ B. parapertussis qualitativ; IS481/IS1001 Region Nasopharyngealabstriche (ohne festes Transportmedium), BAL taggleich 32006
Borrelia burgdorferi sensu lato Gruppe: B.burgdorferi sensu stricto, B.afzelii, B.garinii, B.spielmanii qualitativ; OspA-Gen Gelenkpunktat, Liquor, Biopsie (Haut) 1-3 Tage EBM-Leistung nur aus Liquor
Chlamydia trachomatis qualitativ; kryptisches Plasmid Abstrich (spezielles Transportmedium!), Urin, Sperma taggleich, ggf. 1-3 Tage EBM-Leistung
Chlamydia pneumoniae qualitativ; J38-Region Trachealsekret, BAL, Nasopharyngialabstriche taggleich EBM-Leistung
Clostridium difficile Toxin qualitativ; tcdA/B-Gen Stuhl taggleich Keine EBM-Leistung
Enterohämorrhagische E. coli EHEC qualitativ; stx 1/stx2, eae-Gene Stuhl, Isolate taggleich 32006
Enteropathogene E. coli EPEC qualitativ; eae-Gen Stuhl, Isolate taggleich 32006
Helicobacter pylori qualitative; UreaseA Resistenzbestimmung (Clarithromycin, Ciprofloxacin) Biopsie, Isolate taggleich, pos. +1-3 Tage Keine EBM-Leistung
MRSA Staphylococcus aureus Methicillinresistenz mecA/mecC-Gen Panton-Valentin-Leukozidin-Gen (pvl) spa-Gen Staphylococcus aureus Isolate/Kulturen taggleich, ggf. 1-3 Tage Keine EBM-Leistung
Mycoplasma genitalium qualitativ; 16S rDNA Erregerkultur, Urin, Abstriche, Ejakulat taggleich, ggf. 1-3 Tage EBM-Leistung
Mycoplasma hominis qualitativ; 16S rDNA Erregerkultur, Urin, Abstriche, Ejakulat taggleich, ggf. 1-3 Tage EBM-Leistung
Mycoplasma pneumoniae qualitativ; P1-Gen (Cytadhäsin) Trachealsekret, BAL, Nasopharyngialabstriche taggleich EBM-Leistung
Neisseria gonorrhoeae qualitativ; M·Ngo PII –Gen (Cytosine DNA Methyltranferase) Genitalabstrich (spezielles Transportmedium), Sperma, Urin taggleich, pos. +1-3 Tage EBM-Leistung
Ureaplasma urealyticum/parvum qualitativ; 16S rDNA Erregerkultur, Urin, Abstriche, Ejakulat taggleich, ggf. 1-3 Tage EBM-Leistung
Universelle Bakterien-PCR qualitativ; 16S rDNA Liquor, Punktate, Biopsien taggleich, pos. +1-2 Tage Keine EBM-Leistung
Identifikation von Bakterienkulturen qualitativ; 16S rDNA Bakterienisolate/-kultur 2-4 Tage Keine EBM-Leistung
Diarrhoe Profil: Norovirus, Rotavirus, Clostridium difficile Toxin qualitativ Stuhl taggleich 32006
Parasiten Profil: Entamoeba histolytica, Giardia lamblia, Cryptosporidium parvum qualitativ Stuhl taggleich Keine EBM-Leistung
BAL: Bronchoalveoläre Lavage(flüssigkeit)

2. Pilze

Parameter

Nachweis/
Zielsequenz

Material

Ergebnis der Analyse ab Probeneingang 9:00h wochentags

Bemerkungen/
ggf. Ausnahme-kennziffer

Aspergillus spp qualitativ; mitochondriale DNA BAL, Liquor, Gewebeproben taggleich, pos. +1-2 Tage Keine EBM-Leistung
Dermatophyten qualitativ; 18S rDNA   Nägel, Hautgeschabsel taggleich, pos. +1-3 Tage Keine EBM-Leistung
Fusarium spp qualitativ; ITS-28S rDNA Hornhautgeschabsel, BAL, Liquor, Gewebeproben taggleich, pos. +1-3 Tage Keine EBM-Leistung
Histoplasma capsulatum qualitativ; 100kDa Protein BAL, Liquor, Gewebeproben 1-3 Tage Keine EBM-Leistung
Mucorales (ehemals Zygomyzeten) qualitativ; 18S rDNA BAL, Liquor, Gewebeproben, (EDTA-Blut nach Rücksprache) taggleich, pos. +1-2 Tage Keine EBM-Leistung
Pneumocystis jirovecii qualitative; MSG-Gen (major surface glycoprotein) BAL, Trachealsekret, Sputum taggleich Keine EBM-Leistung
Universelle Pilz—PCR (nach Rücksprache) qualitativ, ITS1-5.8S-ITS2-Region der rDNA  oder 18S rDNA BAL, Liquor, Gewebeproben taggleich, pos. +1-3 Tage Keine EBM-Leistung
Identifizierung von Pilzkulturen (universelle Pilz-PCR2) qualitativ, ITS1-5.8S-ITS2-Region der rDNA Pilzisolate/-kultur 2-4 Tage Keine EBM-Leistung
BAL: Bronchoalveoläre Lavage(flüssigkeit)

3. Parasiten

Parameter

Nachweis/
Zielsequenz

Material

Ergebnis der Analyse ab Probeneingang 9:00h wochentags

Bemerkungen/
ggf. Ausnahme-kennziffer

Cryptosporidium hominis, parvum, spp. qualitativ, CpCOWP1-Gen (oocyst wall protein) Stuhl taggleich, ggf. 1-3 Tage Keine EBM-Leistung
Dientamoeba fragilis qualitativ, 18S-ITS rDNA Stuhl taggleich, ggf. 1-3 Tage Keine EBM-Leistung
Entamoeba histolytica qualitativ Stuhl taggleich, ggf. 1-3 Tage Keine EBM-Leistung
Enterobius vermicularis qualitativ, 18S rDNA Tesafilmstreifen, Würmer, Analabstriche (ohne festes Transportmedium), taggleich, ggf. 1-3 Tage Keine EBM-Leistung
Giardia lamblia qualitativ Stuhl taggleich, ggf. 1-3 Tage Keine EBM-Leistung
Trichomonas vaginalis qualitativ, b-Tubulin Gen Harnröhrenabstriche Vaginalabstriche, Sperma, Urin taggleich, ggf. 1-3 Tage Keine EBM-Leistung

4. Viren

Parameter

Nachweis/
Zielsequenz

Material

Ergebnis der Analyse ab Probeneingang 9:00h wochentags

Bemerkungen/
ggf. Ausnahme-kennziffer

Cytomegalievirus (CMV) qualitativ; quantitativ EDTA-Blut, Urin, Liquor, BAL, Biopsien taggleich, ggf. 1-3 Tage EBM-Leistung
Epstein Barr Virus (EBV) qualitativ; quantitativ EDTA-Blut (nur bei transplantierten Patienten!), Tupfer (nur bei transplantierten Patienten!), Liquor, BAL taggleich, ggf. 1-3 Tage EBM-Leistung nur bei Organtrans-plantierten
Hepatitis B Virus (HBV) quantitativ EDTA-Blut, Serum taggleich, evt. +1 Tag 32005/32006
Hepatitis C Virus (HCV) qualitativ, quantitativ, EDTA-Blut, Serum taggleich, evt. +1 Tag 32005/32006
Hepatitis C Virus (HCV) Genosubtypisierung; Core-Region EDTA-Blut, Serum 2x pro Woche ggf. 32005/32006
Herpes simplex Virus (HSV-1, HSV-2) qualitativ Tupfer (Bläscheninhalt ohne Transportmedium), Liquor, BAL taggleich, ggf. 1-3 Tage EBM-Leistung nur aus Liquor
Humanes Immundefizienz Virus (HIV) quantitativ, Resistenzbestimmung EDTA-Plasma, EDTA-Blut taggleich, 1x pro Woche 32021
Humane Papillomavieren (HPV) Screening, Typisierung Urethral-, Zervix-Abstrich (Tupfer, trocken) taggleich EBM-Leistung
Influenza A und B qualitativ Trachealsekret, BAL, Rachenabstriche, Nasopharyngealabstrich Rachenspülwasser taggleich 32006
Noro-Virus I/II qualitativ Stuhl taggleich 32006
Parvovirus B19 quantitativ EDTA-Blut, Fruchtwasser taggleich EBM-Leistung
Respiratory Syncitial Virus A und B (RSV) qualitativ Trachealsekret, BAL, Rachenabstriche, Nasopharyngealabstrich Rachenspülwasser taggleich Keine EBM-Leistung
Rotavirus qualitativ Stuhl taggleich Keine EBM-Leistung
Varizella zoster Virus (VZV) qualitativ Tupfer (Bläscheninhalt ohne festes Transportmedium), Liquor taggleich, ggf. 1-3 Tage EBM-Leistung nur aus Liquor

BAL: Bronchoalveoläre Lavage(flüssigkeit)

Die Laborärztliche Arbeitsgemeinschaft für Diagnostik und Rationalisierung e.V. (LADR) hat eine Akkreditierung für Medizinische Labordiagnostik gemäß DIN EN ISO 15189 und arbeitet nach Regeln, die in diesen Normen festgelegt sind. Extern wird die Einhaltung der Regeln durch die DAkkS überprüft. Intern wird die Einhaltung aller Vorgaben kontinuierlich kontrolliert, unter anderem durch die regelmäßige Teilnahme an Ringversuchen (Instand, RfB) und Laborvergleichen.

Zur ständigen Optimierung der Analysenprozesse werden methodische und infektionsepidemiologische Studien durchgeführt, deren Ergebnisse in Form von Kongressbeiträgen und Publikationen in internationalen Zeitschriften der Öffentlichkeit zugängig gemacht werden.

Für Einsender und Patienten bedeutet die Akkreditierung, dass alle Prozesse nach höchsten Qualitätsstandards durchgeführt werden.